14 октября 1966 года на допросе в КГБ Самаркандской области (Узбекистан) Айше Сеитмуратова была арестована. Под конвоем на самолете была доставлена в Москву. 24 октября А.Сеитмуратовой было предъявлено обвинение в преступлении, предусмотренном статьей 74 Уголовного Кодекса РСФСР. Ей инкриминировалось, что «она занималась составлением, размножением и распространением клеветнических документов, направленных на возбуждение национальной розни». В 1964-1965 гг. в деятельность инициативной группы крымскотатарского национального движения активно включилась Айше Сеитмуратова. Как рассказывает А.Сеитмуратова, летом 1965 года состоялась встреча группы представителей крымских татар с заведующим приемной ЦК КПСС Строгановым. А.Сеитмуратова, участвовавшая во встрече, обратила на себя внимание Строганова. Активисты движения рассказывали функционеру ЦК о фактах дискриминации крымских татар и унижения их национального достоинства. В ходе дискуссии на вопрос Строганова, кто же конкретно оскорбляет крымских татар, Айше сказала: «Во-первых, это Постановление ГКО о выселении крымских татар, а во-вторых – это Указ Президиума Верховного Совета СССР 1946 года о ликвидации Крымской АССР. Какие имена вам нужны: нас оскорбляет сама Советская власть». В начале октября 1966 г. Сеитмуратова в третий раз отправилась сдавать экзамены в аспирантуру – на сей раз МГУ, – и вновь не поступила. 4 октября она вернулась в Самарканд, а 7 октября к ней нагрянули с обыском. С утра до вечера восемь сотрудников милиции проводили обыск, изъяв документы – выписки из книг, опубликованные, но касавшиеся истории крымских татар, а также недописанную рукописную "Информацию". Спустя несколько дней, 14 октября, на допросе в КГБ Самаркандской области Айше сообщили, что она арестована. Под конвоем на самолете ее доставили в Москву. 24 октября А.Сеитмуратовой было предъявлено обвинение в преступлении, предусмотренном статьей 74 Уголовного Кодекса РСФСР. Ей инкриминировалось, что «она занималась составлением, размножением и распространением клеветнических документов, направленных на возбуждение национальной розни». Семь месяцев, проведенные в камере предварительного заключения в Лефортовском изоляторе КГБ, на многое открыли ей глаза: «Мы не считали, что «Информации» и письма, которые мы писали о положении крымскотатарского народа, были чем-то противозаконным. Мы совершенно открыто говорили: «Мы пишем, потому что боремся за возвращение на родину», но все это служило материалом против нас». 19 мая 1967 г. состоялся суд – секретный и закрытый. Она была признана виновной по статье 74 УК РСФСР («Нарушение национального и расового равноправия – пропаганда или агитация с целью возбуждения расовой или национальной вражды или розни»), однако вынесенный приговор предусматривал срок условного заключения. А.Сеитмуратова была отпущены из зала суда. Несмотря на месяцы, проведенные в Лефортовской тюрьме, она не отошла от движения. Уже через два месяца после суда, 21 июля 1967 года, она в числе народных представителей участвовала во встрече в Кремле с председателем КГБ СССР Ю.Андроповым, Генеральным прокурором СССР Р.Руденко, министром внутренних дел СССР Н.Щелоковым. «По поручению Политбюро ЦК КПСС» Андропов сообщил, что скоро будет принят указ Президиума Верховного Совета, реабилитирующий крымских татар. Что до вопроса о возвращении на родину, то, по словам Андропова, мнения членов Политбюро разделились. 5 сентября 1967 г. вышел Указ Президиума Верховного Совета СССР «О гражданах татарской национальности, проживавших в Крыму». Он отменял решения государственных органов в части, содержавшей огульные обвинения в отношении «граждан татарской национальности, проживавших в Крыму», но утверждал, что они «укоренились на территории Узбекской и других союзных республик». В Постановлении Президиума Верховного Совета № 494, которое следовало непосредственно за Указом, говорилось о том, что «граждане татарской национальности [...] и члены их семей пользуются правом, как и все граждане СССР, проживать на всей территории Советского Союза в соответствии с действующим законодательством о трудоустройстве и паспортном режиме». Фактически указ закреплял последепортационный статус-кво крымских татар в местах высылки. Тяжелое впечатление от Указа не скрасило даже то, что Айше была принята в аспирантуру Института истории Академии наук Узбекской ССР. Потрясение было настолько сильным, что она отказывалась ехать обратно в Узбекистан, и лишь мудрый совет Джеппара Акимова – человека, бесконечно ею уважаемого: «Айше, тебе лучше быть рядом с нами, помогать надо здесь, в Москве тебя могут уничтожить», заставил ее вернуться в Узбекистан.
По материалам официального сайта Меджлиса крымскотатарского народа